2013年4月のEISJの設立は、日本で育ったネパールの子供たちの教育ニーズに応えることができるネパールのカリキュラムベースの学校を設立するという日本のネパールコミュニティの長年の努力と願望の集大成として来ました。学校設立の必要性は、日本でネパールの人口が急速に増加していることと、それに対応して学生に英語の中等教育を提供する必要性を背景に感じられました。

日本に学校を開設し運営するために、2012年12月に日本非営利団体ネパール教育センターが設立されました。学校は日本のネパール教育センターの管理下で2013年4月に正式に開始されました。学校設立のための最初の資金は、日本のネパール人コミュニティのメンバーによって寄付されました。

ネパール政府教育省は、2015年3月に学校の運営を正式に承認しました。日本のエベレストインターナショナルスクールは、英語の中級ネパールカリキュラムを使用してネパール国外で運営されている唯一の学校です。